您说的这种情况很常见。具体情况是这样。个人是个人所得税的主要纳税人，是每个公民的法律义务。他们只有在缴税后才能获得合法收入。您在企业中工作。同时，为方便纳税人和防止税收损失，税法规定单位可以代扣代缴职工个人所得税，这也是单位的法律义务。由于企业具有特殊的人员核算，因此，对已达到个人所得税起征点的每个工人的工资和薪水中的一部分，应申报个人所得税。节省您的个人时间去税务机关申报和付款，这通常是没有错的。基本上，每个月都有一份详细的预提说明，以预扣和支付每位员工的个人所得税。纳税证明是所有雇员的总税额。您可以通过公司的财务状况进行检查。这是您义务后的合法权利。了解特定的政策法规是一件好事。
员工上下班的通勤费用不是免税的旅行津贴。差旅津贴是为公务旅行提供的相应津贴。因此，用工资支付的往返工作的通勤津贴不免征个人税，应计入预扣个人所得税的计算中。
根据财政部的《关于加强企业职工薪酬财务管理的通知》：
如果企业为员工提供运输，住房和通讯服务，并且已经实施了货币化改革，则将按月支付或每月支付的运输补贴或车辆改革补贴，住房补贴和通讯补贴将予以支付。直接付款个人或提供报销账单后付款的个人，已经形成了基于标准“总成本”人工成本的定期补偿机制，并且具有工资性质。因此，应将其计入员工的工资总额中，而不再计入员工福利管理中。
员工福利是企业为员工提供补偿的一种辅助形式。企业应参照历史一般水平合理控制职工福利费在职工总收入中的比例。根据《企业财务通则》第四十六条，企业不承担职工福利费支出。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（国务院令第600号）第8条第1款（1）项规定：“工资收入是指工资，工资，奖金，年终工资增长，劳动红利，津贴，补贴以及与任用或雇用有关的其他收入。 ”
财政部和国家税务总局关于基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费和个人积累基金政策的通知（财税[2006] 10号）第2条规定：“根据“住房公积金《管理条例》，《建设部，财政部和中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（管建金[2005] 5号）等，规定单位和个人不得超过雇员的前一年在平均月薪的12％以内，可以从个人应税收入中扣除实际支付的住房公积金。单位和职工缴纳的住房公积金月平均工资，不得超过职工所在地区以前的城市。职工年平均工资是工资的3倍，具体标准按照地方规定执行。单位和个人超过规定比例和标准缴纳的住房公积金，应当计入个人当前的工资和薪金收入，计算个人所得税。。 ”
根据上述规定，公司以报销的形式提供的运输补贴应纳入工资和薪金收入中，以计算和缴纳个人所得税，超过深圳住房公积金个人所得税扣除额标准（深圳市地税局根据深圳市统计局每年当年发布的深圳市职工年平均工资的有关数据，决定了我市住房公积金个人所得税的住房公积金扣除标准。支付的住房公积金应当与个人当期工资和工资性收入相结合，计算并缴纳个人所得税。税务机关提醒纳税人，他们必须认真研究税法法规的规定，以免因不了解税法而因违反规定而受到惩罚。