个人所得税的实际税负是赚取收入的个人，而不是企业，因此，医疗机构缴纳个人所得税是不准确的。为了方便征收和管理，中国目前实行企业代扣代缴个人所得税的方法，即医疗机构向职工或个人支付工资和劳务时，需要扣除应纳税所得额。员工，然后集体上交地方税器官。
因此，只要医疗机构承担人事费用，就有必要代扣代缴税款。
财税[2000] 42号《财政部国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》：
营利性医疗机构的税收政策
（1）营利性医疗机构按照规定取得的所得，应征税。但是，为了支持营利性医疗机构的发展，如果营利性医疗机构获得的收入直接用于改善医疗和健康状况，则在获得医疗保险之日起三年内给予以下优惠执业注册：免征营业税；自行生产和自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构使用的房地产，土地，车辆和船舶免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税。三年免税期届满后，将恢复税收。
2.根据国家税务总局关于从事医疗服务人员个人所得税征收问题的通知，国税发[1997] 178号文件规定：
（1）。个人经相关政府部门批准以获得许可证，并以门诊部，诊所，卫生中心（室），卫生中心和医院的形式从事疾病诊断，治疗和药品销售。医疗机构取得的收入，视为个人应税收入，应按照“个体工商户的生产经营收入”的纳税项目缴纳个人所得税。
《财政部和国家税务总局关于非营利组织管理免除资格有关问题的通知》（财税[2009] 123号）规定，经批准设立或注册的非营利组织，应当自发成立。符合某些条件的主管当局可以税务机关提出免税资格。识别后，符合《财政部和国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入的通知》（财税[2009] 122号）规定的收入免征公司所得税。未取得免税证明的，已经取得的全部收入，或者已经取得免税证明的，但是其收入不满足免税收入条件的，应当缴纳企业所得税。
2.非营利医疗机构的税收政策
非营利性医疗机构的政策是：
（1）根据国家规定获得的医疗收入免收各种税款，并且未按国家规定的价格获得的收入不符合本政策的资格。
（2）从事非医疗服务的收入应按照规定缴纳各种税款。
（3）非营利性医疗机构将直接使用医疗服务收入来改善医疗状况。经税务部门批准，他们可以扣除应纳税所得额，并从其余额中征收企业所得税；
（4）非营利性医疗机构自行使用房地产，土地，车辆和船舶，则免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税。
3.营利性医疗机构与非营利性医疗机构之间的区别
1.不同的经营目标经营盈利性医疗机构的目标是使利润最大化。非营利性医疗机构的经营目标是针对特定的社会目标，而不是为了赚钱。
2.在不同的获利性医疗机构获利后，投资者可以支付税后利润。非营利性医疗机构的目标不是赚钱，但为了扩大医疗保健规模，它们也可以赚取适当的利润。利润只能用于自我发展，不能用于股息。
3.处置财产的不同方式。营利性医疗机构由于管理不善而终止服务，个人投资者可以处置其剩余财产；非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门管理或由其他非营利性医疗机构处置。
4.收支平衡的用途营利性医疗机构的收支平衡用于投资者收益。非营利性医疗机构的收支平衡既不能用于投资者收益，也不能伪装成雇员使用。所有盈余和盈余只能投资于机构的重建，以购买设备，引进技术并开发新的服务可以为公民提供低成本的医疗和保健服务。
5.是否享受县级以上非营利性医疗机构的财产补助主要是有针对性的补助，由同等财政水平安排。营利性医疗机构没有任何财政补贴。
6.市场价格针对具有不同价格标准的营利性医疗机构提供的医疗服务进行了调整。医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况独立确定价格。非营利医疗机构提供的医疗服务实行政府指导的价格。医疗机构应当按照主管部门设定的基准价格并在其浮动范围内确定其单位的实际医疗服务价格。编辑介绍了为非营利性医疗机构缴纳所得税的问题。只要有收入单位或个人应缴纳所得税，但考虑到某些行业的特殊性，一些非营利性服务型单位的所得税也相对减少或减少，这也是鼓励和支持非营利性医疗机构鼓励他们继续为社会提供优质服务。