向慈善机构捐款一百万美元可以直接免税。
1.实物捐赠；
从公司当年的利润来看，在计算企业所得税时可以扣除不超过利润总额的12％，而扣除额是在允许部分转让后三年内计算应纳税所得额时计算的。在过去的一年中，超过部分税收增加，捐赠金额乘以所得税税率即为应纳税额。
《中华人民共和国企业所得税法》第9条计算应纳税所得额时，应扣除企业在年度利润总额内12％以内的公益捐赠费用。
《中华人民共和国慈善法》第80条为慈善活动捐赠财产的自然人，法人和其他组织依法享有税收优惠。超出结转后三年内从应纳税所得额的计算中扣除的企业慈善捐赠超过当年应纳税所得额的应纳税所得额的部分。