对于跨县市的项目，应在项目所在地预缴2％的增值税，其余9％增值税应在公司所在地预付，以及其他税款和企业所得税的预付。
根据新税法，在组织所在地以外地区开展业务的公司必须在组织所在地的主管税务机关签发外部管理证书，在项目所在地缴纳营业税和开具发票，并向企业付款在项目所在地预先缴纳所得税。预先缴纳的企业所得税可以从主管机构所在地的税务局中扣除。